Con il termine molecola si intende un aggregato di atomi connessi tra loro da legami covalenti. Una molecola, in virtù della propria conformazione spaziale e della specificità dei legami covalenti che la compongono,  possiede particolari caratteristiche chimiche come la polarità e la reattività nell'interazione con altre sostanze.

Quando si parla di "sostanza" si intende una certa quantità di molecole tutte uguali. Una sostanza possiede caratteristiche fisiche come la densità, il punto di fusione e di ebollizione ed altre ancora.

La molecola rappresenta la più piccola quantità possibile di una sostanza. Della sostanza, una molecola possiede le caratteristiche chimiche, ma non quelle fisiche che si manifestano con una certa quantità della sostanza.