Negli eucarioti, i fattori trascrizionali regolano l'espressione genica grazie all'interazione con brevi sequenze regolatrici di DNA. A grandi linee, la trascrizione negli eucarioti inizia con il riconoscimento della regione TATA-box nel DNA da parte della RNA polimerasi, e con il suo attacco al promotore di un determinato gene nel sito d’inizio della trascrizione. La trascrizione è controllata dall’azione di proteine che si attaccano in punti specifici del DNA, e sono i fattori di trascrizione generali, che si legano al promotore per consentire l’attacco della RNA polimerasi. Vi sono, poi, geni regolatori posti sotto il controllo di intensificatori, o enhancers, e di silenziatori, o silencers, a seconda che favoriscano o inibiscano l’avvio della trascrizione di un determinato gene. Affinché la trascrizione abbia inizio, occorre che un attivatore si leghi al relativo enhancers, brevi sequenze regolatrici di DNA, così che il fattore di trascrizione si attacchi alla TATA-box con la conseguente formazione del complesso di inizio trascrizione.