Il legame a ponte Idrogeno può avvenire solo in composti particolari che contengono atomi di idrogeno legati all’ossigeno, all’azoto e al fluoro.

I più noti composti sono rispettivamente l’acqua H₂O, l’ammoniaca NH₃ e l’acido fluoridrico HF.

Per l’acqua il ponte a Idrogeno avviene tra un atomo di idrogeno di una molecola e l’ossigeno di un’altra molecola. In questo modo le molecole si legano tra di loro con molta forza.